1982年，民族解放阵线呼吁停止内战，组建一个具有广泛代表性的全国和解政府。然而美国里根政府却渲染说，民族解放阵线想在萨尔瓦多建立独裁政权。在萨政府拒绝和谈的情况下，民族解放阵线发起新一轮攻势，游击队袭击首都圣萨尔瓦多的伊洛潘戈空军基地，摧毁众多新式战机。民族解放阵线的反击激起了政府军的疯狂报复，这一年6月10日，4000名政府军官兵扫荡查拉特南戈省根据地，超过600名平民被杀。19天后，政府军又在圣萨尔瓦多一场突袭中杀害27名手无寸铁的平民。在1982年和1983年期间，政府军每年杀害近8000名平民。

战争持续到1984年时，在美国里根政府的推动下，萨尔瓦多搞了一次所谓的“选举”，原军政府首脑何塞·纳波莱昂·杜阿尔特当选总统。据称，里根政府很看重这个中美洲“反共象征性人物”，中情局在他竞选期间送给他大约200万美元。然而，“大选”之后萨国内战在继续，政府军的屠杀也在继续。人们纷纷投靠民族解放阵线。

美国的“好建议”

经过多年游击战不断壮大之后，1989年11月，民族解放阵线发起内战爆发以来规模最大的攻势，战火蔓延至首都圣萨尔瓦多富人区。随后，萨政府军策划报复。美国军事顾问告诉萨政府军：“做你们该做的来阻止共产党，只要不被抓到就行。”美国一名前情报官员提议萨政府军杀人小队杀人后尽量别留下证据，不要把尸体抛弃在路边。在美国的纵容和煽动下，阿特拉卡特营袭击民族解放阵线一个野战医院，杀死医生和护士在内至少10人。这支部队还进入中美洲大学校园，枪杀了6名耶稣会牧师以及他们的管家。该部队在犯下这起暴行前刚接受过美军特种部队指导。

打了10年内战后，100多万人流离失所，75%的人生活在贫困中。随着冷战结束，美国政府对中美洲潜在共产主义多米诺效应的担忧减弱，老布什政府不再像里根政府那样大力扶植萨军方，和平的曙光终于出现了。1990年，在联合国斡旋下，萨政府和民族解放阵线开始举行谈判，1992年1月16日，萨政府同民族解放阵线在墨西哥城签署查普特佩和平协议，结束了长达12年的内战。根据和平协定，萨政府军裁军70%并受到文官政府监管、建设一支民警队伍、民族解放阵线从游击队转变为合法政党。

根据统计，在只有500多万人口的萨尔瓦多，内战导致大约七八万人死亡、8000人失踪、50万人逃往其他国家，这场内战也被评为全球十大内战之一。联合国调查显示，萨内战中85%的平民死亡是由美国支持的萨政府军和杀人小队造成的。