2000年，国家及各省市成立药品监督管理局，吴浈任江西省药品监管局党组副书记、副局长，后任党组书记、局长，后又出任江西省食品药品监督管理局局长、党组书记。

2006年9月，吴浈离开长时间工作的江西，赴京出任国家食品药品监督管理局副局长、党组成员，分管药品注册、监管、审核、疫苗行业等工作。

上述知情者称，吴浈调到北京后，成为炙手可热的实权派。“按道理，一个有污点的人，是不应该得到提拔重用的。”

吴浈的老家江西南丰县，被喻为蜜橘之乡，自唐代起就为皇室专送贡品。一位接近国家药监系统的知情者告诉《中国新闻周刊》，吴浈不仅贪，还会拍。他在江西工作时，利用职务之便，以福利之名，每年一车一车地把蜜橘往国家药监局和中国食品药品检定研究院送。

在吴浈赴京仅仅3个多月后，国家食品药品监督管理局爆发重磅新闻。2006年12月26日，该局时任局长郑筱萸被中纪委“双规”。

2007年5月29日，北京市第一中级人民法院对郑筱萸案作出一审判决，以受贿罪判处郑筱萸死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产；以玩忽职守罪判处其有期徒刑7年，两罪并罚，决定执行死刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产。 6月22日作出二审裁定，驳回上诉，维持原判。7月10日，郑筱萸被执行死刑。

时年62岁的郑筱萸，在被执行死刑前留下的《悔恨的遗书》中感叹道：“明天我就要‘上路’了，我现在最害怕的是，我将如何面对那些被我害死的冤魂？我祈求他们能够原谅我、饶恕我，我这不已经遭报应了嘛？”

值得注意的是，吴浈的名字还出现在郑的判决书中。吴浈曾按照郑筱萸的指示，接受广东某公司的请托，为该公司办事。

郑筱萸一审判决书显示：证人赵晓鸣（时任国家药监局药品市场监督司司长）的证言证明：2000年8月，郑筱萸要求他在广东某公司申请药品零售跨省连锁经营一事上予以支持，后该申请得到了批准。2003年，国家食品药品监督管理局的药品许可证管理办法尚未出台，该公司药品物流配送中心的《药品经营许可证》暂时无法办理，郑筱萸视察该物流配送中心时，该公司负责人为此事向郑筱萸请托。郑筱萸指示江西省局局长吴浈向国家局行文请示，由国家局批复解决该问题。后吴浈按照郑筱萸的指示批复同意办理。

郑筱萸落马后，吴浈多次公开表态，称不能因为郑筱萸就否认整个药监系统。

2007年2月，吴浈做客中国政府网时说：“我这里想说一下，尽管我们药监系统出现了像郑筱萸、曹文庄等人的腐败案件，但是不能因为他们几个人的问题否认药监这支队伍，也不能否认药监系统这么多年来所做的工作和取得的成绩，也不能动摇我们做好监管工作、为民把关的信心。”

同年12月，在国新办的新闻发布会上，吴浈说，“郑筱萸已经受到法律的严惩，其结果新闻已经报道了，我想大家都已经知道了。郑筱萸的腐败案件对药监系统产生了一些负面影响，让我们药监人蒙羞，我们对此是痛心的。”

他还表示，不能因一个人的问题，否认一个系统、否认这支队伍。“我很有信心地告诉大家，中国食品药品监管的这支队伍是好的，这支队伍是能吃得起苦，敢于碰硬，是有战斗力的一支队伍。”

郑案发生后，吴浈并未受到冲击。

2013年4月后，吴浈担任国家食品药品监督管理总局党组成员、食品药品安全总监，国家食品药品监督管理总局副局长、党组成员，国家卫生和计划生育委员会副主任等职务。

2018年3月，在新一轮政府机构改革中，国家食药监总局被撤销，单独组建了国家药监局，归由国家市场监督管理总局管理。

不足60周岁的吴浈，未在国家市场监督管理总局任职，官方亦未公布其去向。

5个月后，他因长生问题疫苗事件落马，再次成为舆论焦点。

时任国家食品药品监督管理局副局长的吴浈，在2007年8月至2011年6月，曾兼任国家药典委员会秘书长。国家药典委员会一位退休官员用“刚愎自用，贪得无厌，而且财色两收”来概括他对吴浈的印象。