第一部分 : 江户川文代二度现身江户川文代又一次来到毛利侦探所 , 说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮 , 便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人 , 柯南的身份已经被组织完全发现了 !

柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人 , 在车子冲下大桥前逃脱 , 往阿笠博士家奔去。

与此同时 Gin 从学校绑架了少年侦探团 , 并威胁哀交出她研究 APTX4869 解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织 , 并被 Gin 押上了车。

而 Gin 在开走前却暗中告诉 Vodka 在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。

在 Vodka 要枪杀少年侦探团时 , 柯南终于找到了那里救了大家 , 但 Vodka 还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。

第二部份 : 沉睡的小五郎 - 觉醒 !

柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰 , 决定自己去面对黑色组织。

但磁盘被闯入博士家的英语老师 Judy 拿走了 , 原来她是黑衣组织上层安排在 FBI 的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了 Judy, 逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时 , 却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势 ! 而毛利面前的笔记本上写着「工藤新一」「柯南」「黑衣组织」等等。

原来毛利早就怀疑了柯南 , 每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力 , 通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。

与此同时 ,FBI 特工赤井秀一来到同事 Judy 家 , 意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事 Judy 的身份开始怀疑 , 但却突然被人从后面击昏。

而这时在米花町 , 放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话 , 终于确定了柯南就是新一 ! 兰在泪水中决意要以性命为赌注 , 为救回新一与黑衣组织绝一死战 !

第三部份 : 小说家的意外访客

赤井秀一被 Judy 带回了组织。Gin 威胁秀一加入组织 , 最后的考虑时间为 2 小时。

因为有了哀的数据和配合。两小时之后 , 组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的「同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转 , 死人复活」药物的完成。

在世界的另一边 , 工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室 , 原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。

工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时 , 前门突然出现了意外的访客——目暮警官。

目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党 , 自己还当了他儿子的教父 !

他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生 !

优作看见 10 年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作 , 自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息 : 关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间 ! 而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟 , 原来自己的教子就是怪盗基德 !

第四部份 : 最黑的黑色

柯南在傍晚来到了东京塔下 , 东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心 ! 柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。