这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢 , 正在向外传播加密数据时 , 柯南意外的被人从后面击昏 , 那个人居然又是 Gin。

得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起 , 由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论 : 黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博 , 而天皇本人也是黑衣组织的的支持者 ! 组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张 !

而美国 ** 也早有察觉了这一点 , 并且指使 FBI 特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。

当分析出这一结论之时 , 毛利租来的车子已经开到了东京塔下。

关押赤井秀一的房门突然打开 , 走进来的是——「Sherry」。

第五部份 : 接近

画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴 , 是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样 , 赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。

哀并不承认自己的身份 , 她说可以放走秀一 , 条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候 Judy 出现了 , 秀一为救哀而死 , 留下遗言 :「无论在那个世界 , 你叫什么名字 , 我都能找到我的天使。」Judy 黑色的枪口指向了哀。

这时毛利小五郎也闯入了组织内部 , 在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时 , 总教练出现了 , 居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了 , 但跟踪而至的兰却跳了出来 , 兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼

第八部份 : 江户川柯南 VS 工藤新一

哀挡住了射向柯南的子弹 , 倒在柯南的面前 ,Gin 步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体 ,Gin 被桅杆的狙击枪射中 , 一发又一发直到确认心脏停止。

柯南死死的挡在哀的身上 , 万幸的是他们的因为目标过小不予判定。

天空渐渐就要亮了 , 哀微笑着拿出粘血的药丸 , 世界上唯一的一颗 APTX4869 解药。

「柯南 , 好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。」哀握着解药的手伸向柯南的脸 :「吃下去吧。」

「笨蛋 ! 这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊 !」柯南抱紧了哀。

「不要。」哀突然大声的咳嗽起来 , 在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。「你还不明白吗 ?」哀看着柯南意外的吞下药丸 , 缓缓露出笑脸 :「这是科学和推理无法解释的问题呢 !」哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说 :「不是工藤新一。我爱的人 , 是江户川柯南。」

「哀——」药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛 , 他昏了过去。

优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。

第九部份 : 银色弹丸 , 我们的约定人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的「爱」。「爱」就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤 :「新一 ! 新一 !」还有直升机的声音。

一切都结束了 : 巨轮在太阳升起的时候爆炸了。

新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒 , 暗想 :「江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……」他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 「终于实现了 , 我们的约定 !」新一把兰紧紧的抱在怀里 , 很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团 , 他习惯性的想跑过去和大家一起 , 但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去 , 用只有自己能听见的声音说 :「大家 , 再见了。」 他慢慢的往另一边的人群中走去 , 没有回头 , 咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落 , 之后更多的泪水紧随其后落下。