中国民间思想中的佛教、道教教义，是一种“多神论”。地有地公，灶有灶王，三山五岳，莫不有神。但是中国人对“百神”还是“一神”其实是持无可无不可态度，只是看哪个神最灵。许大受《佐辟》一文中说得很准：“倘有人言媚百神可获百福，则淫祀立兴。今彼言毁百神以媚天主，可获一莫大之福，则百神又立废，其余举废又何当焉？”拜“百神”为获“百福”，这是典型的多神论。但是，如果拜天主一神，“可获一莫大之福”，又马上转信。这表明中国人的多神信仰是有渠道转化成一神信仰的。

多神信仰方式的最大毛病是会助长迷信，混淆理性，酝酿迷狂。这是为儒家长期忧虑的。但是儒家思想家主张温和的引导，行“教化”，用“移风易俗”通过儒学讲论，来扶助民间社会的理性。耶稣会本可以像儒家一样，坚持一神和一元的理性精神，而在民间的佛教、道教等信仰形式沟通，但“补儒易佛”的策略限制了这方面的发展。从利马窦的理路出发，必须反佛。他放弃了从佛教、道教的“太极”、“太一”、“空”等概念中，发现可帮助“基督论”参照的语言和思想。

利马窦在《天主实义》中最反对佛教的“轮回说”。把基本认定，佛教的“轮回说”是印度人从古希腊哲学家毕达哥拉斯处偷来的，“佛家西窃闭他卧拉，劝诱愚俗之言而衍之为轮回，中窃老氏刍狗万物之说而衍之为寂灭。”连带的，利马窦也没有大力宣传中世纪以来天主教最为基本的教义“天堂地狱”，也没有过多宣讲希腊哲学中的“灵魂说”。但是，其他耶稣会士最后不得不利用在民间蕴藏丰富的佛教、道教信仰资源。讲“原罪”，论善恶，必然要谈“天堂地狱”和“审判”问题。到了清初，在江南地方传教的耶稣会士柏应理(PhilippeCouplet,1623-1692)开始系统的论述“天堂地狱”。在他1675年出版的《四末真论》序中说：“有死后，有审判，是人之所共有也。有地狱，有天堂，出此入彼，是人之必有也。”他说天主教不是反对“天堂地狱”说，而是反对“道教所云，长生不死；释氏所云，超出三界。”他教人懂得，“常念死后之必有，而不敢忘；审判之必有，而不敢忽；地狱之必有，而惟恐陷；天堂之必有，而恒求升。”本书附有一幅“地狱受罚图”：一人头被双剑横穿，四条毒蛇围绕，下有烈火焚烧。作恐怖状。“天堂地狱说”，是中世纪流行的神学，利马窦《天主实义》中提到此说，但并未强调。《四末真论》这类文字，渲染旧说，是对利马窦以来学术传教路线的修正。这样的做法代表耶稣会要进入民间的努力方向，是对民间强大的佛教、道教意识的妥协，有其不得已和合理之处。

天主教的“天堂地狱说”强调的是“审判”，树立的是天主的绝对权威。佛教的“轮回说”论说的是“转世”，他认为自己现世的修行积善，可以决定来世的命运。这是两种不同的观念。但是，他们都认为有一个有感觉存在的来世肉身，因此同被儒家士大夫讥为迷信。纪筠说：“天堂地狱之说，与轮回之说相去无几。特小变释氏之说，而本原则一耳。”纪晓岚把天主教和佛教混为一谈，这是他的不严肃。但天主教离开儒家的理性路线，在民间佛教中寻找信仰资源，让士大夫不痛快，这是事实。在儒佛之间的天主教确实是一种两难。

常有观点认为，利马窦强调天主教与儒家的相似性，是欺骗中国士大夫。这样解释有它的简单性。固然，利马窦不是每次都对向他请教的人原原本本地讲出全部天主教教义，一般都是视对象的接受可能来讲解。但是，每一种宗教，如基督教、佛教、道教，以至儒家，都有他理性的一面和非理性的一面。儒家士大夫喜欢天主教中理性的一面，民间大众喜欢天主教超验的一面。两面都是宗教的必然属性，根据不同对象，强调不同方面是有的，但谈不上欺骗和掩盖真相。因为利马窦原来就没有打算在中国强化儒家、或者佛教、道教的地位，他只是利用儒家、佛教、道教的教义相似性，为天主教进入中国服务。