中国天主教在宣传“三位一体”的画像中，用十字架代表“圣父”，用婴儿或青少年代表“圣子”，用光圈代表“圣神”。加上罗耀拉奠定耶稣会后，特别重视“圣母”玛利亚。耶稣会士对中国天主教徒主要通过画像，而不是神学来理解“三位一体”，这就造成儒家对天主教的不解。“即谓之天主，何以有像？”明末的儒生认为，如果天主教真的象宣传那样，是讲论“上帝”的，那就应向儒家一样，摈弃神话，不立偶像。这当然是对基督教神学传统的不解，是东西方不同传统的“一神论”难以沟通的例子。

反对偶像崇拜的天主教，反被儒家人文主义者批评于类同于佛教的“偶像”。从效果看，儒家文化抑制了天主教传统中的非理性主义，更激发起耶稣会的“人文主义”。利马窦一派的耶稣会士具有“文艺复兴”中欧洲人的开放心灵。他们马上学习儒家经典，运用儒家概念，在中文世界建立以“三一论”为基础的“基督论”。明末清初的“天学”（神学）忽然发达，和耶稣会士这一时间密切联系。他们发现儒家对天道存在的证明方式，要比许多欧洲中世纪神学理性得多。在明末人文主义的文化环境中，利马窦基本放弃了用“神迹”(Miracle)传教的基本路线，他一生使用的传教方法是通过理性来达到信仰。介绍科学，宣传神学，并且相当一贯地站在儒家一边，通过反对“偶像崇拜”的道教、佛教，“补儒易佛”，悄悄地建立起自己中国化的神学。

耶稣会士在中国一住都是几十年，热爱中国。他们和士大夫一样了解中国文化的门径，他们是西方思想打入中国思想内部的先遣队。所谓“补儒易佛”，是把自己认为具有太多人格鬼神的道教、佛教排斥掉，然后将当时中国思想中最具有一元论倾向的儒家哲学加以提炼运用。所以“补儒易佛”采取的是拉拢“一家”（儒家），打击“二教”（佛教、道教）的做法。

耶稣会士对佛教和道教的看法，现在看来未必正确。他们认为儒家主张一神，且不设偶像（其实也有设偶像和祭孔的，如孔子和祭祖仪），在“上帝”概念上接近天主教。而释、道二教主张多神（其实也未必，佛教、道教也有大梵天，太极等超自然神力），因此应该排斥。其实儒家的一神论发展有其过程。历史地看，先秦的“儒”，原本就和鬼神等宗教仪式崇拜有联系。一派观点认为：儒家最初就是在葬礼上主持礼乐的专家。孔子以后的儒家，“子不语怪、力、乱、神”，“敬鬼神而远之”，才逐渐的理性化，经典化了。汉代以后，儒学的基础是孔子思想为基础的经学。二千年里，儒家不断的有人提炼“上帝”、“天”、“理”、“道”等一神论思想，经学成为知识分子的学问，成为相当理性并相对固定的理论。和佛学、道家相比，儒学的本体论、伦理学和社会学说最为固定、清晰，许多神话传说都被后儒抛弃了，只留下“三皇五帝”。儒学的基本理论，在相当程度上走出了民间传统，像欧洲中世纪的“经院哲学”(Scholasticism)一样，变成了读书人的集体论说。如果说儒学还与民间社会有什么联系的话，那还是在宗教方面，在家族祭祖、拜天地、和皇家祭天等祈祷仪式上。

任何一种深刻而精致的哲学，都会因其理性主义的内在诉求而达成一些类似一神论，或一元论的结论。宋明以后，儒学更加哲学化，程朱理学演绎推论“上帝”的存在，归纳出阴、太极等单因论，主张“一生万物”，“万物归一”。这在相当程度上实际是“一神论”。即便是佛教和道教，从他们某些时期，某些派别的思想上看，“太极”、“空”、“无”也都可能是具有“终极关怀”意义的一元思想。这种汉斯-孔（Hanskung,1928-）式的“普世主义”(Ecumenical)现代派神学，已经难得地被明末耶稣会士用来包容儒家，倘再进一步用来包容佛教和道教则超越时代太远。耶稣会士认为道教和佛学（包括主“心”的王阳明学）因其俚俗和主观，信仰多神，类似迷信，罗马天主教肯定必须加以排斥，而儒家思想有可能被他们改造成一神的“基督论”。所以“补儒易佛”，是当时的必然选择。耶稣会士从三条线索发掘和提炼儒学的一元论。第一条线索是在四书五经中找寻“上帝”（Lord）和“天”(Heaven)。《尚书》中用“上帝”和“天”次数最多。说法许多，有“上天”、“皇天”、“昊天”、“苍天”、“天命”、“天子”、“帝”、“上帝”等。1601年利马窦修订刻印的《天主实义》，决定引用“上帝”一词作为“神”(Deus)的翻译.这种做法在后来引起争议。1633年，耶稣会内部因“译名之争”，在苏州嘉定召开神学讨论会，决定不用“上帝”以及任何经典中术语，以免和中国人自己信仰的神混同起来。但是中外双方的学者还是觉得儒家的“天”和“主”的说法最接近“造物主”(Creator)的意思。所以造用了经典中所没有的“天主”二字来翻译Deus。其实后代的儒家们经常使用“天主”，甚至在佛教经典中也有“天主”二字。利马窦的《天主实义》原来的名字是《天学实义》，后来决定改名。书中提到的“上帝”，全部换成“天主”。一直到今天，中国的CatholicChurch仍然自称“天主教”。