在十七世纪的耶稣会士中，出现了一批既有全球理想，又能综合本土文化从事当地实践的新型传教人物。他们以方济各、利马窦为代表。方济各的成功做法，引导了利马窦。澳门的耶稣会士都是“西僧”装束。当时在南中国海上，和葡萄牙人从事香料、白银、生丝生意的很多是关西地区的日本人。1614年迫害天主教徒，日本天主教徒大量移居澳门，澳门出现了日本街。明朝人对澳门真正宗教状况并不清楚，他们被耶稣会士俨然“西僧”的做法搞糊涂了，以致不清楚佛教和天主教的真正区别。明末有毛瑞徵《象胥录-佛郎机篇》说葡萄牙人：“俗信佛，喜颂经，每六日一礼佛……国有大敌，亦多于僧谋。”他们把“圣经与佛经”，“弥撒和礼佛”、“神父与僧侣”混淆了。直到《明史-佛郎机传》还说：大西洋人“初奉佛教，后奉天主教。”当时的情况可能确实如此混淆。耶稣会对宗教形式上的多样性并不在乎。他们只是对基本教义严格把握。

利马窦进入广东肇庆后，决定蓄发，留须，改袈裟为儒服，放弃研读佛经的努力，改为研究儒家经典。找儒生士大夫交朋友。从“西僧”一变为“西儒”。利马窦发现，佛教在中国根本不是社会文化的主流，也不是官方承认的宗教。和日本的情况完全不一样，想要通过佛教达到中国宫廷和上层，根本没有可能。利马窦做这样的改变，并不违反耶稣会的方针。相反他把罗耀拉和方济各的方针做了更精确的修正。

利马窦之所以选择儒家作同盟者，类似于经院哲学家使用亚里士多德了理性。换句话说，他借用的是儒家的理性，而不是他的信仰。不是因为儒家的宗教理论接近天主教，而是因为儒家不太讲宗教，在“天学”方面给天主教留下了相当大的空间。儒家“不语怪、力、乱、神”的人文精神可用，同时它又有一些“敬天”、“畏天”的告诫，这块空间可供天主教嫁接移植神学。儒家“敬鬼神而远之”。对鬼神的“敬”，表示其承认精神超越的存在。“远之”，则表示理性的审慎态度。这都是天主教需要，并能够接受的。基督教是严格的“一神论”，它不能接受的只是完全的中国的鬼神，如“关公”、“灶王”、“妈祖”等，而人类理性的普遍结论，耶稣会都能接受。就像教父哲学家从异教的希腊哲学中获得大量资源，充实了基督教神学一样。

儒家是通过理性来接触宗教，所以缺乏一套教义、教规。倒是佛教像天主教一样，有一套教理、教仪、教规，用严格的教会礼仪来约束人的外在的行为规范，是“重道不重教”的儒家所忽视的。在这种情况下，佛教和道教的形式必然也会进入中国天主教。明末罗雅谷和李天经、韩云合作撰写的《天主经解》，在《总论》中，他们用古代迦太基教父神学家德尔图良(Tertullianus，约160-230)的神学体系，翻译介绍了天主教的一套规仪：

得尔杜良（古大师）曰：主经虽约，其义甚广。所以坚信德，则有“天”字；如亲爱主，则有“父”字；如敬畏，则有“圣”字；生命，则有“粮”字；求赦罪，则有“免”字；以生谦德，则有“赦债”字；以避三仇，有“不许”字；以求患，有“求凶”字。包涵诸义，实为尊主要言。此或前知圣人所预识，或四位圣史所睹计，或十二宗徒所传宣，或吾主耶稣所用之譬喻，并集此经。

德尔图良的神学，以他的“三一论”和苦修理论最为著名。他主张禁欲、独生、吃素、隐居，对人的内心生活和人格有很高的要求，非常类同佛教。后来的罗马教会吸收了其中许多内容，变成刻苦的修炼制度，主张隐修、受苦磨练的方济各会就是在这一传统下发展的。德尔图良的理论更接近佛教、道教，但是在中国，当时的天主教徒尽量把他翻译成接近儒家的语言，用“天”、“父”、“圣”、“旨”、“格”、“粮”、“免”、“赦债”、“不许”、“求凶”等字诀来概括，这套修行制度，如果利用佛教经验来解释，效果会好得多，但是反佛路线使得他们很受限制。

天主教的修炼制度，应该是和佛教较为为接近，本来可以建立类似于利马窦与儒家间的对话。但是由于早期的耶稣会士对佛教和佛学化的宋明儒学采取了激烈的批评态度：“（道、佛）二氏之谓，曰无曰空，于天主理大相刺谬，其不可崇尚明矣。”他们认为：佛、道教讲“空”、“无”，正与他们讲耶稣、天主之“有”相反；而在人间，佛、道教拜鬼神之“多”，又与他们崇天主之“一”冲突。所以他们必须反对佛教和道教把最高神位定为“空”和“无”，而在人间又“淫祀百神”。他们认为，在具体贯彻一神论的时候，天主教必须反对一切偶像崇拜。因此，“四大金刚”、“十八罗汉”的塑像都应撤除：“百神无权，禁人不得奉祀。”“西学不事百神，非不敬神，正是敬神之至。今人慢信乡俗，或以意之所重，众之所推，便立为神，一是谬举，久作当然，慢亵神明，莫此为甚。”天主教为此而在中国行“毁坏神像运动”，得罪了佛教徒。