另外，按照耶稣会七个创始人之一，东方传教的圣徒圣方济各的理想，到远东传教的耶稣会士要利用自己的世俗知识结交当地的缙绅贵族阶层，用当地的语言、文字、哲学讲解《圣经》。最终接近宫廷和皇帝，使全民族整体皈依。受葡萄牙国王约翰三世的保护，他于1542年到达印度果阿，1549年达到日本，因为他在当地的传教成绩，，被誉为“印度使徒”（TheApostleofIndia），“日本使徒”。方济各把耶稣会既坚守原则又灵活应变的手法带到了远东。他提倡的是“入境问俗”的态度，为了传教，会士必须了解、理解和适应当地的文化环境。远东耶稣会士都比较愿意采取同化于当地文化的做法，这和方济各奠定的传统有关。但这种东方传教传统也引起过激烈争论。在印度有“印度礼仪之争”，在非洲有“非洲礼仪之争”，在日本有“神道礼仪之争”，在中国则有更为著名的“中国礼仪之争”。在欧洲剧烈的经济、军事和殖民扩张征服的时代，耶稣会士主张宽容异民族的文化，确实是多元化的做法，也是客观实际的作风。1659年，罗马传信部为“中国礼仪之争”发表一份代表耶稣会立场的文件，其中说：“不要试图去说服中国人改变他们的礼仪，他们的风俗，他们的思维方式。因为这些并不公开地反对宗教和良善的道德。还有比把法国、西班牙、意大利，或者任何其他欧洲国家出口到中国去更傻的事情吗？不是要出口这些欧洲国家，而是要出口这信仰。这信仰并不和任何种族的礼仪习俗相矛盾，想冲突。”这份文件几乎是用当代语言表明：十七世纪的欧洲，已经有了区分宗教和文化的理念。一神论的基督教与多元化的民族文化完全可以和平相处。

十七世纪的基督教，已经覆盖了欧洲和西亚、北非的广大地区。天主教各修会为捍卫罗马天主教，又在非洲、美洲和亚洲积极传教。基督教率先从一个区域性宗教(Regionalreligion)转变为一个全球性宗教(GlobalReligion)。在东方，佛教和儒家具有相似的规模。它们都不止是小范围内，在某一种语言，某一个民族中传播的原始宗教思想。佛教在印度、中国、日本、朝鲜、东南亚各国传播，儒家也在中国、日本、朝鲜、越南推行。“普度众生”的佛教，“心理莜同”的儒家，都有它们自己的普世倾向，它们都能越出本土文化的范围，在异文化中传播。但是，在十七世纪的基督教传教热潮中，亚洲宗教的普世化倾向显得相当疲软。佛教和儒家，被天主教神学包容、解释，前者停滞在一个区域性宗教阶段，而后者在迅速地成为全球性的宗教。

在明末中国天主教徒的“补儒易佛”的实践中，我们看到了一个在十九、二十世纪变得十分突出的新命题：世界文化的发展到底是“普世主义”(Universalism)还是“多元主义”(Multiculturalism)？一般认为“普世主义”是以一神论宗教为基础，并在哲学趋向于一元化，因而具有排他性；而“多元主义”则提倡宗教宽容和个别的文化价值，因而很可能导致和纵容多神论和相对主义。总之，一般的论述认为，这两种价值观念是冲突的，不相容的。但是，从明末的历史看，耶稣会和中国儒家似乎找到了一种方法，这两种表面冲突的价值观念竟然统一了起来。儒家、基督徒，以及儒家基督徒都强调“东海西海，心海理同”，认为世界上存在着一个全人类可以共同奉献的信仰和理性。同时，又不妨碍大家从各自原来的文化背景出发来理解这个统一的“上帝”和“天道”。耶稣会只在“一神”（Monotheism）和“三一”(Trinity)的观点上坚持自己的“上帝论”(Christology)。至于其他方面，他们愿意向儒家保持开放。这样，明末的中国基督徒建立起来的“基督论”既是全球的(global)，又是地方的（local）。在保持一神论崇拜的基础上，最大程度地达到了多元化和多样化。

耶稣会士在中国“补儒易佛”，选择儒家，反对道教、佛教。其实他们并不绝对地反对佛教。他们知识挑选当地最有代表性的宗教进行合作。例如，在日本，耶稣会的合作对象不是儒家，而是佛教。圣方济各在通商的九州鹿儿岛开辟传教中心。在日本期间，方济各遇到的最有学问的人都是佛教僧侣，琴棋书画，无不兼通。在和这些“学问僧”辩论的时候，他经常对对方的文辞、逻辑能力和良好风度感到吃惊。因此，方济各认为：日本的文化本质是佛教精神，“盖此（佛教）为日本全部文化之所本也”。以后耶稣会的日本-中国省区决定和研究模仿佛教，以佛教为中介，传播天主教。会士们采用佛教的语言、服饰，自称是来自比西方更西的“西僧”。方济各在日本取得很大成功。到1614年，日本德川幕府迫害天主教时，日本教徒人数已经发展到300000。这是一个很大的数目，中国是在1700年才达到这一数字的。这说明，耶稣会同样也可以和佛教对话。