来华早期耶稣会士另一个传教特征是理性化，凡是比较能够用儒家思想日常人伦说明的道理，都获得了较大的发挥。关于“上帝”，耶稣会士除了借用《诗经》、《尚书》中的“上帝”外，还借用儒家“父孝”的观念，推论“大父”的存在。但是，“三一论”是信仰，不能用日常理性加以说明。耶稣会士一开始就说明：“三位一体”是信仰，不是理性，不是一般经验所能理解的。（“此事过人心量，未易窥测。”“虽有巧舌，不能尽言”。）按中国人传统的思维方式，很难证明这一理论。

但是，杨庭筠还是用了中国传统的比喻来证明。他用“日能发光”，“水能就下”来证明“三位一体”（“有轮，以后光，有热，总一日也”。“能湿，能寒，能下，总水也。”）中国思想史上，最常用“日能发光”和“水能就下”的例子来说明事物的本质，（“水能就下，性也”）。这里用辨明表象和本质的办法，来证明“三”是表象（Phenomenon），“一”是本质(Substantial)。把“上帝”看作是本质，这还是符合原义的。但把“父、子、灵”看做是表象，在神学比喻是不对的。尼西亚会议以后的基督教神学一般都认为，“三位”本身就是上帝的“体”。“位”和“体”（圣父、圣子、圣神）是合一的，前者并不是后者的化身。这个“体”和“位”的比喻，借鉴了宋明理学中的“本”与“末”，“表”与“理”的概念范围，在说明“三一论”的时候，有它的局限性。或者说，“三位一体”表达，在中文还是受到传统观念的干扰。至少在开始阶段如此。

福州泛船浦教堂，明末大臣叶向高所建

天主教常常用画像和雕塑来宣传“三一论”。这在中国引起过误解，甚至被儒家批评为“偶像崇拜”。1600年利马窦第二次进北京，携带西洋礼物。据记载，这批礼物中“有大小自鸣钟各一；油画三幅，内圣母像一幅，圣子偕洗者若翰像一幅，救世像一幅；镜数面；三角玻璃两面；圣课日祷书一册；手琴一具”。在利马窦带入中国礼物中，除了三棱镜、自鸣钟、万国舆图、乐器、圣经等，还有耶稣像、圣母像、若翰像。对此，官员们喜欢的是自鸣钟等“奇技淫巧”，对画像是不习惯的。我们知道，早期儒家就反对制佣，孔子骂人道：“始作俑者，其无后焉”。后世儒家也是基本不立形象的。儒家主张讲道理，反对把没有生命的画像和塑像作崇拜对象。儒家一贯反对佛教、道教的造像运动，有长期的反“偶像”传统。在反偶像方面，儒家比天主教更彻底。福建有士绅向利马窦辩论说：“上帝不可形形，不可造像。玛窦执彼土耶稣为天帝，散发批枷，绘其幻相孰甚焉？”在这个问题上，儒家表现了它非常理性的一面，儒家经书散布天下，但孔子画像只在很少的孔庙里见到。“偶像崇拜”，这正是基督教批判其他东方宗教的话语，在中国被反治其身，这对天主教耶稣会士是个极大的触动。